Appleが、サポート情報「Mac mini (Late 2012) and iMac (Late 2012)：Fusion Drive について」を公開し、制限事項について説明しています。

Fusion Driveは128GBの超高速フラッシュドライブと従来のハードドライブを組み合わせ、よく使われるファイルは、よりクイックにアクセスできるよう、自動的にかつダイナミックにフラッシュに移される機能です。

外付けUSB/FireWire/ThunderboltドライブはFusion Driveの対象とはならなそうです。

また、内蔵HDドライブでパーティション作成した場合、パーティーションの１つをFusion Driveに加える事が出来るそうです。なお、フラッシュドライブにはパーティーション作成は出来ないそうです。

ターゲットディスクモードで使用する場合はOS X Mountain Lion 10.8.2以降が必要で、それ以前のMac OS Xではターゲットディスクとして表示されないそうです。

Time Machineバックアップドライブを使用する場合、Fusion Driveでは、以前のシステムから戻す事は出来なため、必ずFusion Driveから新規バックアップを作成する必要があるそうです。

PRAMリセットを行うと、Fusion Drive設定がリセットされてしまうため起動が遅くなるそうで、システム環境設定で、起動ドライブの選択を行う必要があるそうです。

なお、この説明の中で、Boot Campアシスタントは、3TBハードドライブ、3TB Fusion Driveはサポートされないと説明されています。