Appleサポート情報「MacBook Pro (Late 2016) で Thunderbolt 3 を使って接続する」の中で、MacBook Pro (13-inch, Late 2016, Four Thunderbolt 3 Ports)は、右側の２基のポートでもThunderbolt 3の機能を使えますが、PCI Expressの帯域幅に制限されると説明しています。

３つのモデルの違いですが、各モデルのCPU（PCH）が提供するI/O用のPCI Expressのレーン数を踏まえると以下のようになります。

MacBook Pro (15-inch, Late 2016)

・CPU クアッドコア（Skylake-H + PCH）
・外部GPU搭載
・Thunderbolt 3 4ポート
・PCH GL82HM（またはQM）170
・PCIe 3.0 x16レーン

MacBook Pro (13-inch, Late 2016, Four Thunderbolt 3 Ports)

・CPU デュアルコア（Skylake-U）
・外部GPU無し
・Thunderbolt 3 4ポート
・CPU内蔵PCH
・PCIe 3.0 x12レーン

MacBook Pro (13-inch, Late 2016, Two Thunderbolt 3 Ports)

・CPU デュアルコア（Skylake-U）
・外部GPU無し
・Thunderbolt 3 2ポート
・CPU内蔵PCH
・PCIe 3.0 x12レーン

CPUとPCHの構成の違いから、PCIe 3.0のレーン数は、13インチモデルが12レーン、15インチモデルが16レーンだとわかります。

一方、それぞれのモデルの必要なPCI Expressのレーン数は

MacBook Pro (15-inch, Late 2016)、MacBook Pro (13-inch, Late 2016, Four Thunderbolt 3 Ports)

・Thunderbolt 3 Controller JHL6540　PCIe 3.0 x4レーン
・Thunderbolt 3 Controller JHL6540　PCIe 3.0 x4レーン
・NVMe SSD　PCIe 3.0 x4レーン
・IEEE802.11ac/a/b/g/n　PCIe 3.0 x2レーン
　合計：14レーン

MacBook Pro (13-inch, Late 2016, Two Thunderbolt 3 Ports)

・Thunderbolt 3 Controller JHL6540　PCIe 3.0 x4レーン
・NVMe SSD　PCIe 3.0 x4レーン
・IEEE802.11ac/a/b/g/n　PCIe 3.0 x2レーン
　合計：10レーン

「MacBook Pro (13-inch, Late 2016, Four Thunderbolt 3 Ports)モデルのみ、必要なPCI Expressの提供が2レーン足りない」という結論になります。

そこでやむを得ず、同モデルの右側のThunderbolt 3のみ、

・Thunderbolt 3 Controller JHL6540　PCIe 3.0 x2レーン

という仕様に制限しており、Thunderbolt 3としては40Gbpsでリンクするものの、MacBook Pro内部との理論上の転送速度はPCI Expressに帯域制限されて最大16Gbpsしか出ませんよ、という話になります。

ただし16Gbps分の伝送路は確保されているので、USB 3.1 Gen 2（最大10Gbps）としての使用では制限を受けることはありません。

制限を受けるのは、あくまでThunderbolt 3の40Gbpsモードを使おうとした場合、ということになります。

執筆：Tak.氏

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